Tiré d'un jeu hentai de Type Moon à l'instar de Tsukihime, Fate/Stay Night nous conte l'histoire d'Emya, un jeune homme capable de réparer toutes sortes d'objets par la force de la pensée. Enfant, Emya fut témoin du dénouement tragique d'une guerre occulte opposant 7 magiciens et leurs serviteurs qui détruisit son quartier. Recueilli par un magicien, depuis décédé, Emya est devenu un jeune homme solitaire doté de pouvoirs limités, capable de réparer les objets d'instinct et de lancer quelques sorts. Au cours d'une nuit tragique où il se retrouve à nouveau confronté à la guerre pour le Saint Graal, Emya invoque Saber, l'ultime serviteur, et devra affronter les 6 autres magiciens malgré ses limites.