Le studio Satlight propose donc ici une suite se déroulant 30 ans après les événements de Macross Plus et Macross 7. Aux abords de 2070, la 11e flotte colonisatrice interstellaire Macross Frontier fait partie du plan de colonisation de la Terre visant à perpétuer l'espèce humaine à travers la galaxie. L'immense flotte, abritant plus de 10 millions d'individus, est attaquée par une mystérieuse flotte ennemie. Ces événements vont faire basculer le destin de trois personnages : Ranka LEE, une jeune fille se rendant au concert de Sheryl NOME, idole du Galaxy Network, l'apprenti pilote Alto SAOTOME et le grand frère de Ranka, Ozma LEE , pilote émérite des Nations Unies et du modèle VF-25.